La innovación es para Fe y Alegría un objetivo. Consciente de las múltiples necesidades y problemas de la realidad y motivada por la aspiración de transformar las difíciles realidades que viven las comunidades educativas, Fe y Alegría promueve la innovación. Afrontar las dificultades, crear o recrear soluciones, potenciar al máximo los recursos personales y los materiales, todo ello se convierte en fuente de autoestima y de compromiso con el entorno.

Los maestros y maestras de Fe y Alegría, los directivos y estudiantes han mostrado muchas veces que sus prácticas innovadoras sirven de inspiración a otros, por lo que se estimula la sistematización de experiencias y otras formas de investigación para producir conocimiento que se pueda compartir.